巧克力囊肿病名的形成是因为正常情况下，子宫内膜是在子宫腔内，受卵巢分泌功能影响而呈周期性的变化，会出现增生、分泌、脱落，最后形成月经。若子宫内膜在子宫腔内，它可以脱落，通过阴道排出。如果内膜异位到卵巢位置，在卵巢上有种植学说，也受卵巢分泌功能影响而呈增生、分泌，但是脱落不出来，在卵巢内经血存留时间长，会有巧克力样的组织形成，形成卵巢巧克力囊肿。它的形成跟吃的巧克力没有关系，形成原因主要是内膜异位到卵巢而形成的巧克力囊肿，所以，并不是吃了巧克力就会导致巧克力囊肿。