冷冻疗法实际上就是用液态氮零下196度的超低温作用于疣体组织，然后使病变的组织发生坏死，或者诱发一些生物学的效应，从而达到治疗的目的。液态氮因为价格比较便宜，并且效果比较好，使用也比较方便，所以在冷冻除疣的时候使用的最多。
最常用的方法是用棉签法，就是用棉签占液氮以后迅速的置于疣体组织上进行冷冻治疗，由于棉签蘸的液氮量有限，所以在短时间内就可以蒸发完，因此需要多次的浸蘸才能够完成治疗。一些小的皮损一次就可以达到治愈的目的，而大点的可能需要几次的治疗。