更昔洛韦眼用凝胶在眼科临床上主要用来治疗病毒性眼病，比如病毒性角膜炎、病毒性结膜炎等等。此药与更昔洛韦的滴眼液最大区别在于制剂的方式不一样，这种眼用凝胶的粘稠度更大，使用起来可能会更加方便一点，不会流的到处都是。
但由于粘稠度大，可能会使有些病人觉得太黏糊了，用到眼睛里面不是很清爽。但眼用凝胶的优势在于能够在结膜囊里面留存更长的时间，起作用的时间会相对的长一些，比起滴眼液能够更长时间的发挥作用。通常建议患者如果是觉得比较黏稠、不舒服可以在临睡前使用更昔洛韦的眼用凝胶，夜间能长时间停留在眼内，或者在致病的部位发挥更好的作用。如果患者不是很介意黏稠的感觉，也可以像眼用的碘液一样正常滴到结膜囊里。