胚胎停育的原因非常多，大部分都是因为胚胎本身染色体发育有问题，以数目异常比较常见。另外，如果母亲有严重的全身性疾病，严重的高热、严重的内分泌激素紊乱、黄体功能不足、多囊卵巢等，这些都可以导致胚胎停育。如果母亲子宫有异常，包括有子宫肌瘤、子宫腺肌病以及子宫发育畸形，这些都可以导致胚胎停育。在临床上比较常见的就是双角子宫或者是子宫内膜有息肉等，这些也可以导致胚胎停育。如果孕期过度的饮酒、喝咖啡、饮用毒品，也可以导致胚胎停育。过多的接触放射性的物质、重金属等，也可以发生胚胎停育。如果精子有问题，那么也会导致胚胎停育的。