腭裂手术每个省市根据不同的情况都会制定手术费用，标准是不同的，比如黑龙江省物价局规定，腭裂的手术费用是585元，但是在发达地区手术费用会相应的提高。
另外进行腭裂手术不单纯是手术费，还有其他的费用，比如术前检查的费用、术后应用抗生素的费用、护理的费用、麻醉的费用，还有住院费，加起来是腭裂患者住院期间需要花费的费用，每个省市也都不同。
目前在中国境内，有很多的有关于唇腭裂手术的慈善项目，比如微笑列车、微笑行动、阳光行动等等，这些项目资助的患儿在进行唇裂腭裂手术的时候都可以免费。