男性和女性一样，会通过亲密的生殖道皮肤接触感染，通常是通过性交感染，然而HPV很少会对男性造成严重的健康问题，尤其是对免疫力非常好的男性。
HPV感染男性最常见的症状就是生殖道的尖锐湿疣，通常出现在肛门周围、阴茎、阴囊、腹股沟或者大腿，尖锐湿疣可能是各种形式的，从小的、鳞片状的、斑点状到明显的凸起。
尖锐湿疣并不是严重的疾病，是可以治愈的，但是在人体免疫力下降，以致无法完全抑制HPV病毒的时候还会出现。很少情况下，高危型HPV会引起肿瘤，比如阴茎肿瘤、肛门癌等。