淋球菌性结膜炎最主要的就是药物抗菌治疗，如青霉素、头孢菌素等。症状严重者可通过洗眼等一般治疗缓解眼部不适，多数患者的治疗周期为2~3周。
一、一般治疗
对于眼部分泌物多，症状重的患者用大量生理盐水或1∶10000高锰酸钾溶液冲洗结膜囊，以清除结膜囊内的致病菌。开始每5～10分钟1次，时间逐渐延长至每天1次持续2周，直至分泌物消失。患者冲洗时注意头偏向对侧避免清洗液流入对侧眼。
二、药物治疗
1、青霉素：属于广谱抗生素，对淋球菌有较强的杀菌作用，主要通过静脉注射。每次用药前均需试敏，避免出现过敏的不良反应。
2、头孢菌素：适于对青霉素过敏者及耐药者，可肌注头孢三嗪或壮观霉素，不良反应轻微，且几乎没有。
三、手术治疗
此病一般无手术治疗。