手足口病一般是发病1-5天之内容易出现并发症，手足口病一般将临床的发病机制和表现，感染分为以下五期：
第一期，手足口的出疹期，也就是普通的病例，绝大多数病例在第一期就完全治愈了。
第二期，神经系统受累期。一般在病程的1-5天之内，表现为神经反应差、精神差、嗜睡、易惊、头疼、呕吐、烦躁，肢体无力，出现颈部强直的脑炎、脑膜炎、脊髓炎样的综合征。脑脊髓膜炎的体征多为手足口病的重症病型，大多数可以痊愈。
第三期，心肺功能衰竭期。多发生在病程的五天以内，目前认为可能与脑干炎后的植物神经功能失调，和交感神经功能亢进有关，有人认为是EV71型感染后免疫损伤是发病的机制。本期表现为心率、呼吸增快、出冷汗、皮肤发花、四肢发凉、血压升高、血糖升高、白细胞升高、心脏射血分数异常。此期是手足口病重症型病例的危重型，如及时发现、正确治疗，能够降低病死率的关键是这一时期。
第四期，心功能衰竭期。病情继续发展，出现心肺功能的衰竭，可能与脑干炎所致的神经源性的肺水肿、循环功能衰竭有关，多发生在病程五天以内，年龄以0-3岁为主。临床表现为心动过速、呼吸急促、口唇发绀、咳粉红色泡沫样的痰和血性异体，持续血压降低，出现休克症状。如果此期能够救过来，肺水肿不明显、抽搐停止，就可以进入恢复期。如果此期出现严重的表现，肺水肿、频繁抽搐，可能留有一些后遗症。
