灰指甲主要是抗真菌治疗，目前常用的是规范的口服抗真菌药物治疗。灰指甲学名为甲癣，也称甲真菌病，是指真菌感染甲板或甲下引起的疾病，甲真菌病由于甲板角化，药物不易透入，一直是治疗的难点，近年来由于唑类药物、丙烯胺类药物的问世，甲癣的治疗有了很大的进展。甲癣的治疗可口服、外用药物或手术拔甲，手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约要300天，所以治疗灰指甲必须要有耐心。
口服药物适于多个指甲以上的甲癣及甲真菌病，但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌的作用，用药量大、用药时间长，应定期监测药物不良反应。外用药目前常用的有特比萘芬、阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺酮搽剂等抗真菌的外用药，配合口服药局部外涂。