黄芪的副作用主要与用量过多和未辨清证型有关。黄芪是很好的补气药物，具有益气固表、利水消肿的作用，常用来治疗中气不足之脏器脱垂、食少便溏、倦怠乏力、心慌气短、表虚自汗、气虚水肿等证。
但是并不适用于外感实邪尚未疏散、体内有积滞、阴虚阳气偏亢、实邪导致的皮肤疮疡等证，以上诸症应当禁用黄芪，一旦运用只会加重症状，并不是黄芪本身的副作用。
另外，有报道显示黄芪过量服用时，会出现皮肤表面瘙痒、皮疹、头晕、失眠等过敏反应，严重者可出现过敏性休克，所以在服用时一定要注意用量，建议控制在60g以下。