普通的肠镜检查，疼痛的程度，每个患者不一样。如果是标准体型，比如中年男性，没有超重、肥胖的情况，做单人肠镜检查，几乎没有明显的症状，多数会在乙状结肠或脾区位置出现一过性不适或一过性胀痛，但疼痛也是能接受的，这种情况并无其他的不适。
如果患者比较紧张，且患者偏瘦或者过度肥胖及患者腹部做过手术，尤其是做过阑尾炎或子宫切除手术的患者，肠镜检查过程中因有肠粘连的特点，容易出现腹痛，且剧烈性疼痛的情况。鉴于这种情况，建议尽可能做无痛肠镜检查。