手术后发烧39℃，首先需要知道做的手术是无菌手术还是污染手术，如果做的是阑尾炎手术，手术后发热也属于一种正常现象，也就是手术后3天以内的发热。
首先考虑创伤热，也就是手术原因导致的发热。一般手术后的创伤热不超过38.5℃，如果超过38.5℃，需要分析一下手术是无菌手术还是污染手术，如果阑尾炎引起的手术，手术也可能会超过38.5℃，甚至到39℃也有可能。
如果做的是一种无菌手术，像疝气、脂肪瘤、乳腺癌这些无菌手术，术后如果达到了39℃，应该考虑继发感染的可能性。
常见的手术后的感染的部位可能引起，有可能是肺部感染，像长期咳嗽病人，手术后的疼，由于手术后疼痛无法进行咳嗽，导致痰液直接到肺部引起感染，可以做胸片或胸部 CT来检查是否存在的肺部感染。
同时术后感染的原因，也可能是泌尿系感染，也属于比较常见的术后感染的原因，可以有尿频、尿急，尿痛等症状，尿常规检查一般会有阳性的体征。
如果腹部手术，可能有手术部位的感染，或者腹腔内的残余感染，具体导致发热的原因需要和医生进行沟通，确定的发生发病的原因或者发烧的原因，进行有针对性的治疗，才能取得好的效果。