与肺腺癌不同，肺鳞癌可用靶向药相对很少，少数肺鳞癌患者会出现人表皮生长因子受体，及EGFR酪氨酸激酶突变，可以口服吉非替尼、阿法替尼、厄洛替尼等小分子靶向药物进行治疗。部分具有ALK基因突变肺鳞癌患者，也可以使用克唑替尼、阿来替尼等小分子靶向药进行治疗。针对血管内皮生长因子受体，也就是VEGFR单克隆抗体靶向药雷莫芦单抗，以及小分子化学制剂安罗替尼等，也可用于肺鳞癌的治疗。
总之，虽然肺鳞癌和肺腺癌都属于非小细胞肺癌，但肺鳞癌发生基因突变几率相对比较低，只有极少数患者会出现上述几种基因突变，从而可以使用相应靶向药物治疗，绝大部分肺鳞癌患者都没有可以使用的基因突变。因此，治疗方法主要是化疗或免疫治疗。