子宫内膜组织出现在附件区，尤其是卵巢部位，称为巧克力囊肿，是内膜异位症的一种。卵巢是最容易被异位内膜侵犯的器官，约80%的病变累及一侧，累及双侧的占50%。异位病灶分为微小病灶和典型病灶两种。微小病灶，属于早期位于卵巢浅表层的红色、紫蓝色或褐色的斑点状或数毫米大的小，随着病变的发展，异位的内膜侵犯卵巢的皮质，并在其内生长、反复周期性出血，形成单个或多个囊肿的典型病变，称为卵巢巧克力囊肿。囊肿大小不一，直径多在5㎝左右，大的甚至10-20㎝，内含暗褐色、巧克力样、糊状、陈旧的血性液体。囊肿增大时表面呈灰蓝色，囊肿在月经期出血增多、腔内压力大，特别是近卵巢表面的囊壁，容易反复破裂，破裂后囊内容物刺激局部腹膜，容易发生局部炎症反应和纤维化，导致卵巢与邻近的子宫阔韧带、盆侧壁或乙状结肠等紧密粘连。