知柏地黄丸和杞菊地黄丸的区别主要在药物组成、功效、主治疾病等方面：
1、药物组成：知柏地黄丸是在六味地黄丸的基础上加上知母、黄柏两味药组成，杞菊地黄丸则是在六味地黄丸的基础上加上枸杞子、菊花组成。
2、功效：知柏地黄丸主要的功效是滋阴降火，杞菊地黄丸主要的功效是滋肾养肝。
3、主治疾病：知柏地黄丸主治阴虚火旺导致的骨蒸潮热、夜间盗汗、头晕、目眩、腰膝酸软、虚烦、男性遗精等疾病，杞菊地黄丸主治肝肾阴虚导致的两眼昏花、视物不清、双目干涩、迎风流泪等症状。
4、其他方面：知柏地黄丸加上黄柏、知母增强了滋肾阴、清相火的作用，杞菊地黄丸在六味地黄丸的基础上加上枸杞、菊花，兼有养阴平肝、滋水明目的作用。