中枢性甲状腺功能减退症指的是中枢系统发生了病理性改变，而不是甲状腺本身发生了病理性改变所造成的甲状腺功能减退。这里的中枢指的是内分泌的中枢，也就是下丘脑或者垂体发生了病理性改变所造成的一大类疾病。
下丘脑疾病可以造成促甲状腺素释放激素，也就是TRH分泌减少，垂体疾病可以造成促甲状腺激素，也就是TSH合成和分泌减少，在血清中就可以测定到TSH降低。TSH降低也就可以造成T4、T3的降低，大约有20%的患者也可以表现为血清的TSH浓度正常，或者轻度的升高。中枢性甲状腺功能减退症患病率比较低，大约是十万分之五，好发人群是儿童和30-60岁的成年人。