内生肌酐清除率和肾小球滤过率都是反映肾脏功能的指标，是以肌酐为标准进行计算的。内生肌酐清除率和肾小球滤过率既有联系也有区别。内生肌酐清除率是单纯指肾脏排出肌酐的能力，排出肌酐包括肾小球排出的肌酐和肾小管排出的肌酐。
而肾小球滤过率是指肾小球排出肌酐的能力，所以如果严格的讲，内生肌酐清除率大于肾小球滤过率。但是临床上计算肾小球滤过率的公式或者方法比较少，只能通过测定内生肌酐清除率来大体估计肾小球滤过率的多少，所以临床上采用内生肌酐清除率来评估肾脏的功能，来进行疾病的分期。