新生儿一只眼睛眼屎多常见于急性眼部炎症、急性卡他性结膜炎，可以由链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌感染，可以使眼部红肿，并且球结膜水肿，并且有黏液脓性分泌物，睡眠时可以结痂，使上下眼黏着，睁眼困难。
此外还有淋球菌性结膜炎，这种情况也会出现眼部分泌物为黄色脓性、黏稠样的分泌物，还可以有衣原体结膜炎，也会出现黏液脓性分泌物。还有一部分叫新生儿泪囊炎，它的病因主要由鼻泪管下端开口处的残膜在发育过程中没有退缩，可以导致鼻泪管阻塞，泪液和细菌集聚在泪囊中引起泪囊炎，会有溢泪，还有少量的黏液脓性分泌物，这些都需要进一步上眼科检查后确诊，并且给予相应的治疗。