病毒性咽炎和细菌性咽炎的主要区别在于致病因素和临床表现，病毒性咽炎主要是由于病毒感染所导致，而细菌性咽炎是由于溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等革兰氏阳性菌感染为主。两者在临床表现上也不一样，病毒性咽炎相对来说起病比较急，而且成年人常伴有畏寒、高热、咽部灼热等症状，患儿常表现为哭闹不止而且出现拒食的情况，会有颌下淋巴结肿大。病毒性咽炎慢性期也常见于成年人，咽部黏膜会出现少数疱疹，破溃后会有灰白色的假膜覆盖，而细菌性咽炎主要表现为咽部剧烈的疼痛，而且有可能会有脓性渗出物，常表现为咽后壁黏膜明显的充血、肿胀。