男性尿道流脓最常见的疾病应该是泌尿系感染或者是尿道炎，引起尿道流脓最常见的病原菌应该是淋球菌，或者是大肠杆菌。同时需要询问患者是否有不洁性生活史，如果患者同时存在不洁性生活史，考虑淋球菌感染的可能就非常大了。
淋球菌感染也就是平时提到的淋病，这种情况需要到医院做分泌物的细菌涂片检查，如果细菌涂片检查可见革兰氏阴性双球菌，诊断淋病就比较明确了。治疗以口服抗生素为主，比如头孢类、左氧氟沙星和阿奇霉素治疗，治疗时需要配偶一同治疗。