膀胱镜活检是泌尿外科最常用的操作之一，其主要目的是直视下对膀胱和尿道腔内解剖学和大体病理进行观察，并可获取活检标本，进行组织病理学检查，来达到确诊的目的。
同时也可以通过输尿管插管，根据上尿路尿样进行逆行造影来了解上尿路病变，从而作出临床诊断。
因此，具有诊断和治疗的目的，在诊断方面可以明确外科血尿的出血部位和原因，诊断膀胱尿道肿瘤，包括肿瘤的部位、大小、形状，并取活检，尿道膀胱移行上皮肿瘤保留膀胱手术后定期复查。
诊断尿尿道膀胱的结石、异物、畸形、狭窄，膀胱周围脏器病变对膀胱的影响，以及上尿路逆行造影对上尿路疾病的诊断。
在治疗方面，可以取出异物粉碎并取出较小的结石，通过输尿管导管向肾盂灌注药物治疗乳糜尿，放置输尿管导管或支架管来引流尿液，预防和治疗输尿管的狭窄。