慢性肠炎患者的主要症状有腹部疼痛、腹泻、水便以及异常消瘦等。肠道表层黏膜长期受到病原体刺激影响，导致其出现创伤溃疡以及充血、肿胀现象，从而造成患者腹部持续疼痛的症状。肠道平滑肌发生收缩、痉挛过程中，胃内物质由于内部气压增强会出现反流性现象，并对局部黏膜造成刺激后出现反射性恶心、呕吐、反酸、烧心等情况。另外肠道组织正常功能受阻，体内大量水分以及营养物质无法被正常转化、吸收，诱发患者出现腹泻不止，大便稀溏等不良症状。严重患者排泄物携带有渗出血液以及坏死、脱落组织，还会有大便出血，粪便黏稠等继发性症状。