肩上的囊肿有以下几种情况：
第一、受过伤或者是运动损伤之后关节有弹响，肩关节的力量有减弱，做核磁能够发现在肩关节内肩胛于上方的部位出现了一个叫肩峰下滑囊囊肿，这种囊肿会压迫肩胛上神经，引起冈上肌和膈肌力量减弱，就表现为肩关节酸痛不适，肩关节的外展和外旋的力量减弱。这种囊肿常常是由于上方的关节盂唇有撕裂所导致，应该进行关节镜下修复，囊肿切除手术。
第二、可能是肩关节慢性疼痛，常常导致肩峰下滑囊的囊肿，或者是肩胛下肌上方会下方的囊肿。这种囊肿是一个关节积液的表现，没有完整的囊壁，可以进行肩关节核磁检查，确定是单纯的滑囊炎还是合并有肩袖肌腱撕裂。如果有肩袖肌腱撕裂同时修复肩袖，清理囊肿。如果是单纯的局部的滑囊炎症反应，可以关节腔注射复方倍他米松注射液或者是曲安奈德进行抗炎治疗，疼痛会逐渐缓解，疼痛缓解之后，关节内积液减少，囊肿自然也就消退了。
第三、有一种囊肿比较少见，是肩锁关节的上方形成的囊肿，这种囊肿是由于肩袖撕裂导致的肩锁关节部位囊肿，说明有肩袖的广泛撕裂，肩关节的功能严重受限。应该拍摄X线片和核磁共振进行详细的评估，看肩袖肌腱能否进行修复，如果能修复可以在镜下或者开放手术进行肩袖修复，如果不能修复或者已经出现盂肱关节炎，就应该进行反肩关节置换手术。