女性怀孕40天肚子痛应该根据疼痛并采用相应的治疗，如果是宫内孕而导致先兆流产，女性应该适当注意休息，可以给予孕激素类的药物保胎，如黄体酮软胶囊、地屈孕酮、黄体酮针等，也具有一定的止痛作用，会缓解子宫肌肉收缩而具有止痛作用。如果是女性存在有下腹痛、腹胀等胃肠道不适应情况，给予偏热性、易消化的食物如小米粥，以缓解胃肠道的不适应情况，不可以给予止痛药物，否则会导致影响胚胎发育。当女性患有宫外孕而导致疼痛，需要及时去医院给予药物或者手术进行治疗，宫外孕引起疼痛容易影响女性的生命安全。