月经只有三天是经期缩短的表现，有各种可能，需要做出鉴别和处理，首先要检查血、尿HCG除外妊娠可能，必要时要进一步除外宫外孕、胚胎停育等特殊情况。
妊娠不仅表现为不来月经，有时也表现为经期缩短，除外妊娠之后，经期缩短常常与女性精神心理因素相关，比如考试紧张、工作压力大、心情不好，有时会有一过性经期缩短，一般不用特殊处理会自行好转。
另外，也要检查女性性激素六项和甲状腺功能，除外多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、卵巢功能早衰等特异内分泌疾病。