巧克力囊肿手术后很多患者还需要辅助药物治疗，治疗3-6个月，用药的目的主要是可以最大程度的控制病灶，有效地预防复发也是非常重要，因为巧克力囊肿非常容易复发，因此手术后用药可以降低和预防卵巢巧克力囊肿的复发，所以手术以后并不是治疗结束，患者应遵医嘱进行及时的、足够时间的药物治疗。手术后1个月内禁止性生活及盆浴，避免剧烈运动以及从事体力劳动，应注意休息，预防感染，饮食方面不要吃生冷、辛辣刺激性食物，加强营养。巧克力囊肿手术后第1次来月经时，注意观察有无出现痛经的症状，并且定期到医院进行B超检查，注意是否复发。