早期肌肉萎缩的治疗是对引发肌肉萎缩的原发病，进行有效的对因治疗，例如对于炎症性的肌肉疾病，予以激素抗炎、调整免疫治疗等。早期的肌肉萎缩应当进行锻炼而延缓病情，可以在理疗师的指导下，进行有效的肌肉康复功能训练，例如水疗等训练。
同时配合物理治疗，如针灸、推拿、按摩等物理治疗，治疗师或康复师有效、个体化的对于肌肉萎缩早期患者的肌肉力量性训练非常重要。同时可以在医生的医嘱下配合营养肌肉的药物治疗，服用改善供血类的药物，配合维生素B族的药物治疗。同时患者应当避免劳累过度，可以适当的增加户外活动。