肠系膜动脉综合征的治疗是以保守治疗为主，无明显症状者可不必处理，动态观察即可以，急性期要禁食水，胃肠减压，给予静脉营养支持，纠正水电解质紊乱，必要时采用全胃肠外营养，酌情给予阿托品、山莨菪碱等缓解痉挛。
症状缓解后逐步调节饮食、少吃多餐、避免含纤维素食物过多的引入，同时要结合改变体位等措施来进行治疗，在日常生活中饭后要仰卧半小时，同时要加强腹肌的锻炼，可以减轻症状，当症状频繁发作，保守治疗无效时，可考虑手术治疗，但是必须慎重，手术可以选择十二指肠空肠吻合术，该病经过正确治疗，预后相对良好。
半数患者可以恢复正常，但仍有一部分患者术后一周内会出现恶心、呕吐等症状。