胆汁反流性胃炎的原因分为器质性和功能性的，器质性的原因主要是胆系的疾病，如胆囊切除术后胆系的结石等等，这一类疾病胆汁的分泌往往存在障碍、失调，可以给予熊去氧胆酸调节胆汁分泌，增加疏水性的胆汁酸。
这一类的胆汁酸对胃黏膜的损伤非常小，增加这一类的成分可以减少胆汁对胃黏膜的损害。
功能性的疾病主要是胃窦和十二指肠蠕动功能的失调，造成胆汁通过关闭不全的幽门口进入到胃中，这一类的疾病建议口服中和胃酸的铝碳酸镁，加上促动力的吗丁啉，再加上抑制胃酸分泌的质子泵抑制剂进行治疗。