生殖器长水疱很可能是感染了生殖器疱疹，是由单纯疱疹病毒导致的性传播疾病。治疗上一般是使用口服的抗病毒药物，加上外涂的抗病毒药物。口服的药物可以选择泛昔洛韦、更昔洛韦、伐昔洛韦，外涂的抗病毒药膏可以使用喷昔洛韦、阿昔洛韦的乳膏。
如果合并了细菌感染，可以使用抗生素药膏外涂。如果疼痛比较明显，可以加服布洛芬止痛。由于病毒感染属于自限性疾病，因此治愈并不困难，很多人三周左右，皮肤破损就可以完全愈合，水疱消失，临床上即认为治愈。不过水疱容易复发，特别是初次疱疹一年之内，复发时候的症状比初次发作要轻，一年以后复发的频率会逐渐降低。