克拉霉素最常见的副作用是消化系统的副作用，比如恶心、呕吐、胃脘部不舒服、胃脘部灼热感、腹痛、腹泻等等，还可能会发生过敏反应，轻度的会见到药疹、荨麻疹，重度的会见到过敏性休克等等。短暂性中枢神经系统的副作用，比如头痛、焦虑、头晕、失眠、幻觉、噩梦、意识模糊等等。也可以见到转氨酶一过性升高，停药以后一般可以恢复。
克拉霉素属于大环内酯类的抗生素，对革兰氏阳性菌，如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、链球菌等等，有一定的抑制作用。对部分革兰氏阴性菌，如流感嗜血杆菌、淋病双球菌、嗜肺军团菌、百日咳杆菌，还有部分的厌氧菌，如脆弱拟杆菌等等，有一定的抑制作用，此外对支原体也有抑制作用。