如果出现囟门过早闭合，孩子的头围增长会受到限制，同时颅骨的骨缝会出现重叠明显，从而影响小头畸形。小头畸形一旦出现，就会影响大脑容量的发育，这种情况下可能会导致出现大脑发育不良，临床上会表现为喂养困难、智力低下、语言和运动发育迟缓。
这种情况要积极寻找导致囟门早闭的原因，早期发现、早期干预。此外，还有一部分孩子是生理性的囟门早闭，除了囟门过早闭合以外，头围增长、语言、运动、智力的发育都是正常，这种情况对孩子没有造成病理上的影响，不需要特殊干预。