不同致病微生物导致的肺炎咳嗽的性质也不同，支原体引起的肺炎多为刺激性干咳或者是咳少许白痰，病毒性肺炎引起的咳嗽也以干咳为主。如果患者是由于细菌感染而引起的肺炎，临床上除咳嗽的症状外，还会出现咳黄痰等临床表现，所以当患者出现咳嗽的症状时，要结合其他的伴随症状以及相关的辅助检查，进行致病微生物的评估。
如果患者出现了白细胞、中性粒细胞、中性粒细胞百分比，以及C反应蛋白、降钙素原的升高，考虑为细菌性肺炎，需要使用头孢克肟、阿莫西林、阿奇霉素、左氧氟沙星等相关的抗生素进行治疗。如果患者出现了病毒核酸的阳性，临床上考虑为病毒性肺炎，需要使用抗病毒的药物，例如奥司他韦、阿比多尔等。