滤泡性咽炎的治疗方法最重要的是病因治疗，有一些全身因素可以造成咽炎反复发作，例如糖尿病、贫血、肝脏疾病等等慢性疾病，导致抵抗力减退而反复发作咽炎，淋巴滤泡增生会越来越严重，需要同时治疗。胃食管反流的问题，会引起反流性咽喉炎，胃食管反流也需要同时治疗。
还有一些局部的病灶，鼻炎、鼻窦炎或者扁桃体经常发炎，也会导致咽炎反复发作、淋巴滤泡反复增生。淋巴滤泡增生不严重，可以通过药物治疗，口服蓝芩口服液等中成药或者用桉柠蒎。淋巴滤泡增生肥厚比较严重的，药物治疗效果不明显，可以用一些物理的治疗或者手术治疗，用微波或者等离子做增生淋巴滤泡的消融来明显减轻症状。