医用碘伏常见的浓度是1%的浓度，用于皮肤的消毒治疗，可以直接涂擦，稀释两倍可用于口腔炎的漱口，2%的碘伏用于外科手术中，手和其它部位皮肤的消毒，0.5%的碘伏用于阴道炎冲洗的治疗。
碘伏具有广谱的杀菌作用，可以杀灭细菌繁殖体、真菌、原虫和部分病毒，在医疗上用作杀菌消毒剂，可用于皮肤黏膜的消毒，也可以处理烫伤，治疗滴虫性阴道炎、霉菌性阴道炎、皮肤霉菌感染等等，也可以用于手术前或其它皮肤的消毒，各种注射部位皮肤、器械浸泡消毒以及阴道手术前的消毒等等。碘伏是外用药禁止口服，碘伏稀溶液毒性很低，无腐蚀性，但稀溶液不稳定，需要在使用前配制，避免接触银、铝和二价的合成金，碘伏原液应该在室温下避光保存。