肛门刺痛多是肛门区病变引起，需根据不同的病变选择不同的治疗方案。如因进食辛辣刺激食物，导致肛门区出现烧灼感或刺痛，通过控制饮食可以使肛门刺痛症状缓解。
痔疮患者可以出现肛门区疼痛或出血，可以使用痔疮膏或痔疮栓缓解肛门疼痛，也可口服痔疮药物，如槐角丸、迈之灵等缓解疼痛。肛裂的患者多是由于干硬粪便刺激损伤的肛门皮肤黏膜，建议患者肛门区使用高锰酸钾温水坐浴，涂抹祛腐生肌的药膏，促进创面愈合，缓解肛门刺痛。肛门脓肿引起的刺痛症状需行手术治疗，同时应用抗菌药物控制感染。