肺泡蛋白沉积症没有特效药，一般都是采取支持治疗，主要包括以下几个方面：
1、雾化吸入治疗，多适用于轻症患者，可以考虑使用溶解黏液的气雾剂来进行治疗，比如乙酰半胱氨酸雾化吸入治疗。
2、全肺灌洗治疗，也是目前治疗肺泡蛋白沉积症最为有效的方法和手段，通过全肺灌洗可以改善病人的临床症状，提高病人的运动耐受能力，改善肺功能，有相当大一部分病人经过全肺灌洗后，可以使病情得到明显的缓解和痊愈。
3、对于伴有低氧血症的患者，还可以通过吸氧来进行支持治疗。
4、戒烟、戒酒，增强营养。
5、接种流感疫苗和肺炎疫苗，因为肺泡蛋白沉积症可引起肺泡巨噬细胞的功能障碍，容易导致流感和肺炎的发生。