甲亢如果长期没有得到控制，可以影响全身的代谢，使机体处于高代谢的状态。并发症方面主要可以累及心脏和眼睛，如果累及心脏以房性心律失常为主，严重者可以出现心房增大、房颤，房颤可以反复发生，表现为阵发性房颤。
后期如果甲亢仍没有得到很好的控制，可以转变为持续性房颤，需要进行射频消融治疗，严重者可以导致心功能衰竭，如果累及到眼睛，可以表现为甲状腺相关性眼病，眼球突出，眼睛的视力受到影响，严重者可以失明。