辅酶Q10主要是针对于慢性的心功能不全，以及病毒性心肌炎等心血管疾病的辅助性治疗，辅酶Q10还能起到针对于亚急性肝坏死、慢性活动性肝炎，以及病毒性肝炎的辅助治疗的作用。
在应用于癌症患者时，对于癌症患者的化疗、放疗所引起的不良反应，也能起到一定的作用。辅酶Q10针对于疾病的治疗时，是起到辅助的治疗作用，以心力衰竭为例，在治疗心力衰竭的同时，需要给予三大基石的药物来治疗。
在给予β受体阻滞剂、醛固酮拮抗剂、血管紧张素转换为抑制剂，或者血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂的基础上，可以加用辅酶Q10来治疗心力衰竭。