凌晨六点咳嗽的原因有很多，具体如下：
1、房间干燥可以导致咳嗽，对房间过敏也可以导致咳嗽。
2、晚间睡眠时，上呼吸道、咽喉部、胃肠道反流的液体，可能会积攒在咽喉部。凌晨六点起床，体位变化可能让蓄积少量的分泌物误入呼吸道，刺激机体而产生咳嗽。
3、副交感神经、交感神经兴奋，可以导致咳嗽。
因此，凌晨咳嗽的原因很多，具体要依据每个人的具体情况来分析判断，还要依据凌晨咳嗽是否有痰。如果有痰，表现为浓痰，要考虑感染。如果没有痰，考虑为理化因素刺激，通常不需要特殊用药。