虽然牙颌畸形病因较复杂，但是在适宜的年龄进行矫治可以完全纠正牙颌畸形。所以治疗的时机非常关键，一旦错过了颌骨发育的最佳治疗时间，后期治疗不仅周期增长，而且还容易复发。因为牙颌畸形多种多样，患者之间虽存在共性，但是具体表现皆不相同，针对每一位患者都要制定具体个性化治疗方案。
一、一般治疗
1、牙列拥挤的矫治：矫治的基本原则是应用各种正畸手段减少牙量或(和)增加骨量，使牙量与骨量趋于协调，同时兼顾牙、颌、面三者之间的协调性、稳定性及颜面美观。减少牙量的方法包括通过邻面去釉减小牙的近远中径，通过拔牙减少牙的数量，通过矫正扭转牙减少牙所占牙弓的近远中空间。增加骨量的方法包括通过开大腭中缝扩展牙弓宽度与长度，通过口外力刺激颌骨及齿槽骨生长改建，通过功能性矫治器刺激颌骨及齿槽骨生长。
2、双颌前突的矫治：单纯性双牙弓前突正畸治疗的主要目标是减小上下前牙和上下唇突度，改善侧面型和唇闭合功能。同时，在维持磨牙中性关系的基础上建立好下牙正常排列及咬合关系。临床上主要通过牙位置的改变达到以上目标，常常需要减数拔牙，并且采用固定矫治器治疗。正畸治疗的主要目标与治疗单纯性双牙弓前突类似，即减小上下前牙和唇突度，改善侧面型和唇闭合功能。
3、前牙反颌的矫治：由于前牙反颌不经矫治有随生长逐渐加重的趋势，早期矫治尤为重要。早期矫治方法相对简单，且有利于颌面部向正常方向发育。有的前牙反颌病例矫治很简单，而为数不少的病例可以伴有牙列拥挤、牙弓宽度和高度不调以及颜面不对称等，矫治难度较大。因此不少病例要分阶段治疗，矫治的时间比较长。
4、前牙深覆盖的矫治：尽早去除病因，例如破除各种口腔不良习惯，治疗鼻咽部疾患，去除咽部增殖腺等。对导致前牙深覆盖的牙问题进行处理，例如拔除上颌多生牙，纠正上前牙前突并关闭牙间隙，开展下前牙排齐，纠正牙的舌向倾斜和拥挤，上牙弓宽度不足时加以开展等，牙问题的处理相对简单，一般在短期内可达到矫治效果。
二、药物治疗
一般矫治和正颌外科手术治疗为主，临床上无药物可以治疗该病。
三、手术治疗
对于错过最佳矫治年龄，颅面生长发育基本完成，且伴有严重颌骨畸形的成年牙颌畸形患者，单纯使用正畸方法是无法完成矫正的，需要配合外科手术来进行治疗才能纠正颌骨的畸形。通过颌骨手术可以改善面部形态，同时配合手术前后的正畸治疗恢复良好的咬合关系和颌功能，需要正畸医生和颌面外科医生协作下完成，大部分正颌外科手术是采取截断并移位上颌或下颌骨的方法以矫正颌骨畸形。术前正畸的目的之一是排齐牙列、平整牙弓、消除颌干扰，便于手术过程中牙弓及颌骨段的移动。