胚胎停育最安全的流产方式是人流手术，可以做到快速、安全，而且清理得非常干净。
如果是药物流产，出血时间长，会造成子宫内膜的感染，而且胚胎容易残留，不易清干净。
如果已经确定胚胎停止发育，应及时地清除胚胎，然后预防感染，同时要做到预防下次不再发生胚胎停育的现象。
一般要针对病因进行检查，如果发生两次或两次以上的胚胎停育，就要考虑是不是夫妻双方的染色体问题.
建议夫妻双方检查染色体，或者可能是环境因素引起的胚胎停育，比如放射性环境，在怀孕期间有没有接触过有毒、有害的物质，或者丈夫有没有吸烟、酗酒等不良嗜好。
如果有明确的环境因素，就要尽量避免，在下次怀孕的时候不要接触有毒、有害的物质，也要戒烟、戒酒，保持生活的规律。