莲子的坏处包括吃多了伤脾胃，还有可能会引起腹胀、便秘的情况。莲子属于寒性食材，吃多了伤脾胃，会影响消化、吸收，特别是体质虚寒的人群，一定要适量服用。莲子有收敛固涩的作用，便秘患者食用后加重大便干结的情况，长期便秘的人群也尽量少吃莲子。
莲子是常见的中药，药用价值很高，有固精止带、补脾止泻、养心安神的作用。莲子性平，味甘、涩，涩是指有收敛固涩的作用，所以莲子对脾虚、肾虚引起的遗精带下有治疗作用。莲子心具有碱性成分，生物碱有强心作用，所以莲子心有强心安神的作用。