正常性成熟的女性卵巢会发生周期性的卵泡的发育和排卵，它背后的一个系统的支持来源于下丘脑-垂体-卵巢的内分泌轴，所以说在下丘脑-垂体-卵巢的内分泌轴中的任何一个环节发生问题都会发生不排卵，如下丘脑性不排卵。
下丘脑由于损伤或者是外伤、炎症甚至肿瘤，都会引起卵巢的不排卵、排卵障碍。
发生在垂体的空鞍综合征、垂体肿瘤，还有垂体的一些内分泌疾病等等，或者是由于严重的产后出血引起的垂体功能下降，而产生的希恩综合征等等，都会引起不排卵和排卵障碍。
发生在第三个环节中，卵巢环节的排卵障碍可以是卵巢肿瘤、卵巢囊肿、卵巢发育异常、多囊卵巢综合征等等这些发生于卵巢层面的障碍，也会发生卵巢的不排卵。
不排卵还可以发生于其他的一些因素，比如说妇女精神压力大或者是精神焦虑，再有剧烈的运动、过度减肥和过度运动、接触有毒的药物和放射线、环境异常，比如环境、噪音的污染，或者是空气、水污染都会引起不排卵或者是排卵障碍。