阴茎上小水疱主要考虑的是生殖器疱疹，多数是因为单纯疱疹病毒引起的性传播性疾病。主要症状为阴部或者肛周出现水疱、疼痛、破溃甚至发热、乏力等症状。主要的危害是瘙痒、疼痛，抓挠后出现破溃继而发生感染，反复发作会加重患者的心理负担。
对于此种疾病可以进行细胞学检查以及病毒抗原培养等检查，一般采用外用治疗药物，包括更昔洛韦、阿昔洛韦等等。同时也需要进行饮食调整，多食用富含维生素、蛋白质食物，紧忌辛辣、刺激食物，禁烟、禁酒，同时要注意性生活防护，避免检查感染。