肥厚性心肌病的诊断主要根据患者的病史和体格检查，还有一些辅助的检查包括超声心动图、心脏的核磁共振、心导管的检查和冠状动脉的造影以及一些心电图的检查，超声心动图的表现主要为室间隔的增厚(在舒张期达到15mm)，或与后壁厚度的比值大于等于1.3，心脏核磁共振也可以直接显示心室壁的厚度以及室间隔的厚度。左心室造影可以显示出左心室流出道梗阻的表现，心电图可以显示部分心肌损伤而出病理性的Q波，如果患者有猝死、心肌肥厚的家族史则更容易判断，基因学的检测也可以帮助明确肥厚型心肌病的诊断。