脑炎治疗期间头疼会出现反复发作的现象，脑炎就是由于病毒、细菌引起脑实质的炎症损害，会导致脑神经受损，会经常出现头疼、头晕的现象，脑炎一旦严重，患者也会出现发烧、恶心、呕吐等现象。脑炎不但在治疗过程中会出现头疼，很多脑炎在治疗康复之后会留下头疼的后遗症，脑炎引起头疼的原因，主要是由于脑神经损伤等后遗症。脑炎在治疗期间引起头疼，主要是由于脑炎作为炎症性疾病，在治疗的过程中比较缓慢，神经系统还没有得到完全的修复，会经常出现头疼的现象。