肛门囊肿是一种并不十分准确的说法，正确的称呼应该是肛周脓肿，是一种肛周急性、化脓性、感染性疾病，多由肛腺感染引起，起病非常急，病情发展也比较迅速，症状最主要就是肛门周围的红、肿、热、痛，肛门会有面积、大小不一的红肿，摸上去会有波动感，会有明显疼痛，而且疼痛是持续性，与排便无关。
患者病程长，细菌入血还可能出现全身发热的症状。如果脓腔面积较大，沿着直肠向上走行，还可能刺激患者出现排尿和排便困难，都是由于疼痛导致。综上所述，肛周脓肿最常见的症状就是肛周的红肿、疼痛，伴有全身发热，甚至个别患者伴有排尿和排便困难。