甲状腺切片病理检查的操作方法有几个步骤，过程是比较复杂的：首先，获取组织，可能是手术切下的甲状腺组织，也可能是甲状腺穿刺活检取出来的组织。
这些组织要用甲醛浸泡固定，然后是制作过去的组织用蜡包埋组织染色颜色，切片需要用到专用的切片组织蜡块切的很薄，薄到几乎是单个细胞厚度的切片并制成载玻片，然后就是观察。
观察时间可以根据观察者来决定，根据观察的深度决定，通过显微镜观察组织细胞的类型，然后做出临床病理诊断。甲状腺化验的指标主要是甲状腺的功能和相关抗体，促甲状腺激素是首选的指标，甲状腺抗体包括球蛋白抗体。