小便咖啡色最常见于陈旧性肉眼血尿，病人发生陈旧性肉眼血尿的症状时，常常需到泌尿外科或肾内科就医，通过尿液检查常常会发现尿中红细胞升高，通过相差显微镜检查可以发现红细胞来源，如红细胞来源于肾脏疾病，常常显示红细胞为变形红细胞，如来源于肾后性疾病，红细胞为正常形态。
如镜检发现红细胞为正常形态，常常需要做CTU检查，通过CTU检查能够发现有无泌尿系结石、有无泌尿系肿瘤、有无泌尿系先天畸形导致的肉眼血尿症状。